En el año 2007 la Autoridad Marítima Nacional comenzó un proceso de Certificación en Sistemas de Calidad en áreas relacionadas a las distintas actividades de la Marina Mercante Nacional en cumplimiento a los Convenios Internacionales ratificados por nuestro País.
Dicha decisión estratégica es concurrente con las Resoluciones adoptadas por la Organización Marítima Internacional (OMI) desde el año 2003 mediante las cuales alienta a los Estados Miembros  a integrarse a un Plan Voluntario de Auditorias.
Para alcanzar este objetivo y atender la recomendación de la OMI, la Autoridad Marítima Nacional solicitó en el año 2007 ser sometida a una Auditoria Voluntaria en lo que hace a los Convenios de Estado de Abanderamiento, Estado Rector de Puerto y Estado Ribereño.
La misma fue planificada para el presente año.

Como parte integral del proceso destacado precedentemente, en el mes de Junio del año 2006, se recibió la visita del Sr. Secretario General de la OMI, Efthimios Mitropoulos. Un año más tarde, se recibe por primera vez en Uruguay la visita de la Agencia Europea de Seguridad Marítima (EMSA), compuesta por dos expertos internacionales de España y Francia,  a fin de verificar los niveles de gestión y cumplimiento del Convenio Internacional sobre Normas de Formación, Titulación y Guardia para la Gente de Mar  de acuerdo al Convenio STCW´ 95, reconociendo de esta forma la validez de los Títulos y Certificados expedidos a la Gente de Mar por nuestra Administración y permitiendo las habilitaciones y Reválidas ante otros Estados Miembros.

En enero del año 2008, la División Registro de Personal de la Marina Mercante, dependiente de la Dirección Registral y de la Marina Mercante de la Prefectura Nacional Naval, obtiene el Certificado UNIT,  AENOR e IQNet en Sistemas de Gestión de  Calidad conforme a la Norma UNIT-ISO 9001:2000 por parte del Instituto Uruguayo de Normas Técnicas (UNIT), la Asociación Española de Normalización y Certificación (AENOR) y The Internacional Certification Network, convirtiéndose en la primera Unidad de la Autoridad Marítima Nacional en obtener esta Certificación.
En el mes de Julio del corriente año, la Oficina de Control de Buques por el Estado Rector del Puerto dependiente del Departamento de Legislación y Acuerdos Internacionales de la Prefectura Nacional Naval, obtiene el Certificado UNIT,  AENOR e IQNet en Sistemas de Gestión de Calidad conforme a las Normas mencionadas, por la Gestión Administrativa y de las inspecciones realizadas a los buques de otras banderas que voluntariamente visitan los puertos de la República en el marco del Acuerdo de Viña del Mar.
Alcanzar ambas Certificaciones, ha demandado muchas horas de trabajo y dedicación de mujeres y hombres no solo de la Prefectura Nacional Naval, sino de otras Unidades de la Armada, lo cual resalta el total compromiso de la Institución en la búsqueda de un objetivo común y de la mejora continua.
Finalmente, en el mes de Agosto del año 2008, la Autoridad Marítima Nacional es auditada por un Equipo de Auditores de la OMI, integrado por cinco expertos internacionales de Brasil, Chile, Costa Rica y Panamá.
Los auditores visitaron la Prefectura del Puerto de Montevideo (PREMO), la Dirección de Protección de Medio Ambiente (DIRMA) y requirieron además visitar otras Unidades de la Armada que participan y contribuyen activamente en las distintas actividades de la Prefectura Nacional Naval.